Hiện nay các tài liệu văn bản thơ văn của Nguyễn Bỉnh Khiêm được lưu giữ ở nhiều nơi, bao gồm những văn bản hiện đang lưu giữ tại Viện Nghiên cứu Hán Nôm và Thư viện Quốc gia Việt Nam.

Trong bài viết “Danh nhân Nguyễn Bỉnh Khiêm và văn bản thơ Nôm”, PGS.TS. Trịnh Khắc Mạnh (Viện Nghiên cứu Hán Nôm) lưu ý, tại kho sách của Viện Nghiên cứu Hán Nôm hiện đang lưu giữ văn bản Bạch Vân am thi tập白雲庵詩集, ký hiệu A.2256, thơ chữ Hán, 260 trang, sách in. Theo các nhà nghiên cứu, đây là bản in đầu triều Nguyễn. Nội dung sách gồm, Bạch vân am thi tập tự 白雲庵詩集序 (bài tựa do Nguyễn Bỉnh Khiêm viết), Bạch Vân am sự tích 白雲庵事跡 (viết về hành trạng của Nguyễn Bỉnh Khiêm), tiếp là phần chép thơ văn Nguyễn Bỉnh Khiêm. Phần chép thơ văn chia là 2 làm quyển, Quyển 11 và Quyển 12, tổng cộng có 626 bài, trong đó có 3 bài ký văn xuôi. Theo Trần Văn Giáp, phần thơ văn chữ Hán của Nguyễn Bỉnh Khiêm nằm trong bộ sách có tên chung là Danh thi hợp tuyển 名詩合選, do viên Trấn thủ Hải Dương là Trần Công Hiến biên tập và đưa in năm Gia Long thứ 13 (1814).[2] Tại Thư viện Quốc gia Việt Nam có lưu giữ các bản thơ văn Nguyễn Bỉnh Khiêm như Bạch Vân am thi tập 白雲庵詩集 (với 03 ký hiệu R.2017, R.1917, R.1718; trong đó bản ký hiệu R.2017 trùng với bản A.2256 của Viện Nghiên cứu Hán Nôm) và Bạch Vân Am tiên sinh 白雲庵先生 (ký hiệu R.101, sách chép tay, thơ chữ Hán, 75 trang).